Löschen einzelner Kontakte in CardBook wirkt sich wegen der Synchronisation in beiden Richtungen auch auf das Adressbuch Kontakte in iCloud aus.
Wenn du aber das Adressbuch selber in Thunderbird-CardBook löschst, dürfte das Adressbuch Kontakte in iCloud nicht davon betroffen werden. Schlimmstenfalls kann man auf der iCloud Seite eine Wiederherstellung des Adressbuchs durchführen.