Schön, dass du mit der prefs.js Datei aus dem alten Backup alle Konten, Ordner und Nachrichten wieder angezeigt bekommst.
Deine prefs.js Datei war vermutlich bei dem von dir erwähnten Ereignis beschädigt worden, und TB hat beim folgenden Start die beschädigte prefs.js umbenannt in "prefs-1.js" oder invalidprefs.js. Gleichzeitig wurde eine nagelneue prefs.js erstellt, in der die alten Konten-Einstellungen natürlich fehlten, weshalb TB zum Erstellen eines Kontos aufgefordert hat.
Offenbar hast du keine der während der letzten Tage eingegangenen Mails verloren, da sie bei den Standard-Einstellungen von Thunderbird zwei Wochen lang auf den POP-Servern verbleiben und jetzt nach Einfügen der alten prefs.js Datei erneut abgerufen wurden. Die Nachrichten, die du in der Zwischenzeit aus den wieder angelegten Konten gesendet hast, werden natürlich jetzt nicht (mehr) angezeigt, da sie in den Mailbox-Dateien "Sent" der neu angelegten "pop****"-Ordner im Ordner "Mail" des Profils gespeichert sind. Solltest du diese gesendeten Nachrichten benötigen, dann könnte man die entsprechenden "Sent" Dateien mit der Erweiterung "ImportExportTools" https://freeshell.de/~kaosmos/mboximport-en.html in eins der POP-Konten oder die "Lokalen Ordner" importieren.
Dieser Vorfall sollte dich veranlassen, in Zukunft regelmäßig und in kürzeren Abständen Backup-Kopien des Thunderbird Profilordners zu erstellen.