Hallo,
Was mache ich falsch?
Eine plausible Erklärung wäre, dass du beim Einfügen die beiden "Thunderbird" Ordner verwechselt hast.
Also den Cache Ordner Thunderbird aus AppData\Local\ in AppData\Roaming\ hier eingefügt hast.
Man kann die beiden Ordner Thunderbird recht einfach nach dem Inhalt unterscheiden. Der "richtige" bzw "wichtige" enthält zum Beispiel die Nachrichtenordner Mail und gegebenenfalls auch ImapMail.
Falls du keine Fehler gemacht hast beim Einfügen, müsste man an eine korrupte prefs.js Datei denken.