Gleichzeitig hatte ich heute das neueste TB-Update installiert. Ist auch dieses nicht mit Lighning kompatibel?
Es handelt sich nicht um eine Inkompatibilität von Thunderbird und Lightning, sondern um den Bug 1249894
Seit Lightning in der Version Thunderbird 38.x.x automatisch als Erweiterung installiert wird, tritt nach gleichzeitigem Update von TB und Lightning bei einer kleinen Zahl von Nutzern das von dir beschriebene Problem der teilweise eingefrorenen Benutzeroberfläche auf.
Der dem Bug zugrunde liegende Mechanismus ist bekannt, aber nicht der auslösende Faktor, weshalb der Bug bislang auch nicht simuliert (nachgestellt) werden kann.
Das Problem der "Blockade" nach dem Update kann dauerhaft durch den Start im abgesicherten Modus und das Deaktivieren oder Deinstallieren von Lightning gelöst werden.
Wenn man Lightning trotzdem benutzen will, kann es wieder über den Add-ons Manager installiert werden.