Hallo,
ich habe inzwischen deine beiden virtualFolders.dat Dateien ("normale" und "korrupte") in Text-Edit verglichen.
Beide haben hier übrigens die gleiche Größe von 1 kB.
Dabei ist mir aufgefallen, dass die funktionierende Datei an zwei Stellen eine jeweils gleichlautende Sequenz enthält, die an gleicher Stelle in der korrupten Datei fehlt.
Die Sequenz heißt "mailbox://nobody@Local%20Folders/Trash", ich habe sie in meinem screen shot markiert:
Der Unterschied sagt mir allerdings nichts, vielleicht hast du eine Idee dazu.
Was mich noch überrascht in dieser Datei, ist die häufige Erwähnung von "imap", obwohl du in deinem Eingangsbeitrag POP als Protokoll angegeben hast.
Die ständige Meldung in der Fehlerkonsole
BAD IMPORTER ~~~~~~~~~file:///Applications/Thunderbird.app/Contents/Library/Spotlight/thunderbird.mdimporter/
wird offenbar von einem Problem mit dem "Spotlight"-Indexer des Mac hervorgerufen.
Dazu gibt es einen kürzlichen Bug Report.
Du kannst mal versuchsweise in den TB-Einstellungen -> Erweitert -> Allgemein das Durchsuchen der Nachrichten durch Spotlight deaktivieren. Ob es einen Zusammenhang mit dem Problem der virtuellen Ordner gibt, wage ich jedoch zu bezweifeln.
In der Liste deiner modifizierten Einstellungen fällt mir "mail.winsearch.firstRunDone" = true auf.
Diese Einstellung kenne ich nicht, vermute aber, dass du auch Windows auf deinem Mac installiert hast.