Hallo,
vielleicht hilft dir dieser Artikel weiter : "Archiving your e-mail" -> (Absatz "PDF file")
http://kb.mozillazine.org/Archiving_your_e-mail
Ich bin auf Mac und kann deshalb PDFCreator nicht testen http://www.pdfforge.org/pdfcreator
Du kannst auch eine Suche mit "thunderbird batch eml conversion to pdf" machen, dann findest du etliche Programme, die die Conversion von .eml nach PDF machen.
Das billigste, das ich gesehen habe, kostet $29,00: EML Converter
http://www.thunderbird-convert.emltopdfconverter.com/