Ich verstehe es so, wenn man manuell etwas in den Systemordner Junk oder einen Unterordner des Systemordners Junk verschiebt, markiert und lernt Thunderbird bei dieser Aktion diese Mail als Junk.
Wenn dem so ist, folgende Lösung: lege abseits des Systemordners Junk einen neuen geeignet benannten Ordner an. Lege die fraglichen Mails zunächst dort ab.
Es könnte aber auch sein, dass serverseitige Einstellungen hier ein Wörtchen mitreden. Denkbar wäre immerhin, dass im Junk-Ordner abgelegte Mails, die noch nicht als Junk markiert sind, bei nächster Gelegenheit serverseitig noch mal untersucht und allein für die Ablage im Junk-Ordner als Junk interpretiert werden. Das würde Thunderbird dann auch reflektieren, da entsprechende Headereinträge gesetzt wären.
Mein Lösungsvorschlag würde auch diesen Grund einer serverseitigen Nachbearbeitung umgehen.
Gruß
Sehvornix