Als Erstes machst du bitte eine Kopie des neu erstellten Profilordners.
Ich glaube die Regeln (Filter) sind in der prefs.js abgelegt.
Zum Testen benennst du die prefs.js um in prefs.old anschließend kopierst du vom alten Profil diese Datei in das neue Profil.
Nachtrag
Die Filterregeln befinden sich im ImapMail-Ordner im jeweiligen Konto als msgFilterRules.dat