Die Version von Flatpak ist fehlerhaft, die Dateityp-Verknüpfungen funktionieren nicht. Z.B. der Doppelklick auf eine JPEG im Anhang --> Keine Reaktion (In der Systempaket-Version JPEG --> öffnet Bildbetrachter).
Diese Aussage ist einfach nur falsch! Deine Flatpak-Version macht genau das, wofür sie vorgesehen ist! Stell dir vor, du kannst mit dieser Version nicht einmal eine externe Schlüsselverwaltung nutzen - warum /DAS/ wohl so ist?
Wenn man unter Linux arbeitet, dann sollte man sich zumindest auch einmal mit diesem Betriebssystem beschäftigt haben.