Die 3-Wege-Sortierung von web.de, gmx.net und freenet.de verträgt sich nicht besonders gut mit Thunderbird.
Die einfache Lösung: Auf die 3-Wege-Sortierung bei web.de, gmx.net und freenet.de verzichten und dafür den Spamfilter von Thunderbird nutzen und ordentlich trainieren.
Wenn Du unbedingt bei der 3-Wege-Sortierung von web.de bleiben wiilst, solltest Du auf jeden Fall das Adressbuch von Thunderbird in ein Format exportieren, das web.de versteht und danach in web.de importieren, damit web.de die gleichen Absender kennt, wie Thunderbird. Denn Mails von Absendern, die web.de nicht kennt, landen in "Unbekannt". Falls Du in Thunderbird mehrere Adressbücher verwendest, gilt das natürlich für alle. Ein weiteres Thema ist dann die Synchronisierung der Adressbücher zwischen Thunderbird und web.de.