Wenn Thunderbird erstmalig installiert wird, dann wird die Version in der Systemregistrierung im Schlüssel
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Mozilla\Mozilla Thunderbird bzw.
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Mozilla\Mozilla Thunderbird
abgelegt.
Wenn Thunderbird mit "Hilfe - Über Thunderbird" aktualisiert wird, dann wird die Version in der Systemregistrierung im Schlüssel
\HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Mozilla\Mozilla Thunderbird bzw.
\HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\WOW6432Node\Mozilla\Mozilla Thunderbird
abgelegt.
Wenn Thunderbird aus heruntergeladener .exe aktualisiert wird, dann wird die Version in HKLM abgelegt.
Dieses Durcheinander versteht Windows nicht und zeigt zwei Versionen an.
Wie ggbsde in #3 richtig festgestellt hat, wird die Deinstallation der "alten" Version Thunderbird komplett deinstallieren, also auch die aktuell genutzte Version.