Ist in meinen Augen völlig klar und in Ordnung:
Wenn Du TB startest ohne USB-Platte, dann legt TB intern die neuen benötigten Daten und Verweise an und vermerkt das intern.
Wenn Du dann wieder das USB-Laufwerk einstöpselst. nimmt er trotzdem die letzen Daten, die er hat, und ignoriert so das Laufwerk. Das musst du dann erst wieder dem TB bekannt machen.