Leider hast du nicht geschrieben, ob es sich um ein POP oder IMAP Konto handelt, aber ich tippe mal auf POP und gehe im Folgenden davon aus.
das die Inhalte älterer Mails nicht mehr sichtbar waren,
Das ist in der Tat das übliche Problem, wenn die Index Datei kaputt ist. Bei POP Konten kann es aber auch sein, das die Mbox Datei, das ist die Datei, die die eigentlichen Mails enthält, kaputt ist. Dann hilft nur noch ein Backup mit hoffentlich heiler Mbox Datei.
Solltest du allerdings aktiviert haben, das Mails auf dem Server nicht gelöscht werden sollen, hilft es viel, die Datei popstate.dat im Profil zu löschen. Dann lädt TB alles neu vom Server runter.