Ich möchte das bei mir nicht ausprobieren. Ich denke aber mal, dass das Maildatum hier als relevantes Datum herangezogen wird.
Vielleicht ist das ja ein Anstoss für eine neue Erweiterung...
Ich denke mal hier kommt Dein Vorschlag gut an:
http://www.mozilla.org/developer/
und insbesondere: http://www.mozilla.org/community/developer-forums.html
Aber vielleicht kann ja auch jemand anderes noch was dazu sagen (ich bin mir bezüglich Deines Problems nämlich auch nicht so sicher). Versuch doch mal an einem Testaccount und poste das Ergebnis hier (ich selber hab derzeit nicht so viel Zeit um das auszutesten).
Wäre es nicht korrekt zuerst alles herunterzuladen und dann erst die mails zu löschen (d.h. alle die die shcon in der popstate.dat sind und deren maildatum größer als der eingestellte wert sind)?
Ich benutze diese eEinstellung auch aber irgendwie liegen die mails auch noch tage später drauf (habe bereits schon einen theread offen) aber ich warte einfach mal noch etwas länger und checke regelmässig über den weblogin wann gelöscht wird 
Gruß
