Moin Moin,
manchmal habe ich das Problem das der Junkfilter extrem lange braucht um Junk aus einem IMAP-Ordner in den entsprechenden Junk-Ordner zu verschieben. Das Markieren geht recht zügig aber statt dann sofort zu verschieben steht unten rechts was von "Herunterladen von Nachrichten" und es passiert nichts weiter.
Manchmal hilft es einen anderen Ordner zu öffnen und dann wieder auf den Eingang zu gehen, zumindest wird dann ein Großteil des Junk verschoben. Manch anderes Mal hilft nur den TB neu zu starten.
Nachdem ich etwas über 60.000 Junks aus dem Junk-Ordner in einen anderen Ordner verschoben hatte, ging es erstmal etwas besser, trotzdem taucht das Problem immer wieder mal auf.
Ebenso hab ich schon beobachtet das TB bei einigen Mails hängen bleibt, sprich er markiert allen Junk bis zu einer Mail recht zügig und kommt dann nicht weiter voran.
Thunderbird Version 2.0.0.21 (20090302) auf WindowsXP SP3