bei IMAP sind die Mails nicht in den Ordnern, sondern auf dem Server. Du kannst die Dateien also löschen
Ohne den Fehler zu kennen, der diese vielen Ordner generiert hat, würde ich einen solchen Tip niemals geben.
In dem Verzeichnis imap.web.de finden sich buchstäblich Hunderte von Inbox-Dateien.
Du solltest mal schauen, welcher Prozess bei Dir für die vielen Inbox-Dateien verantworlich ist, eventuell Testhalber ein Testprofil anlegen und schauen, ob es dort auch passiert.
Dort → #Ein neues Profil erstellen kannst Du nachlesen, wie Du ein neues Profil erstellst, dann das Konto einrichten und nichts weiter am Profil machen, also keine Erweiterung, kein Theme und auch sonst nichts installieren.