Bei der Deinstallation bleibt der alte Profilordner erhalten. Eine Sicherung (Kopieren in ein anderes Verzeichnis) kann aber auf keinen Fall schaden, auch wenn diese Sicherung meistens nicht gebraucht wird.
Wenn der 64er den alten Profilordner nicht erkennt kannst Du immer noch den Inhalt des alten Ordners in den neuen kopieren und dabei die schon in neuen Profilordner bestehenden Dateien überschreiben lassen. Firefox Thunderbird sollte bei dieser Kopieraktion unbedingt geschlossen sein.