Sind die Mails bereits auf dem Server leer oder erst nach dem Abruf durch dein Thunderbird?
Und schau bitte mal die Protokolle der Microsoft Security Essentials durch, vielleicht enthielt eine eingetroffene Mail Schadsoftware und die MSE haben deinen Posteingang beim Reinigungsversuch zerstört.
Völlig unbekannt ist auch, wie groß dein kaputter Posteingang eigentlich war: zu große Postfachdateien führen zu recht verschiedenene Effekten.
Bisher ist leider nicht erkennbar, was konkret passiert ist, man kann sich nur herantasten und nach und nach einige potentielle Ursachen ausschließen.