Moin,
ich fürchte, dass hier sprachlich zwei Sachen vermengt wurden.
Ich habe [...], lokale Ordner angelegt und ganz normal meine Emails per POP3 herunter geladen.
Hier geht es sehr wahrscheinlich um innerhalb/unterhalb des POP-Kontos angelegte Ordner. Lokal würde also in diesem Fall "Nur" bedeuten, dass diese Ordner lokal auf deinem Client und nicht auf dem Server angelegt wurden.
In dem Screenshot hingegen geht es um das spezielle Konto namens "Lokale Ordner", welches der Thunderbird beim Einrichten eines Profils mit anlegt als i.d.R. zweites Konto gleich nach dem allerersten eingerichteten Mailkonto (egalo ob das Mailkonto als POP- oder IMAP-Konto angelegt wurde).
Soweit erstmal zum Unterschied zwischen lokal angelegeten" Ordnern und dem speziellen Konto 'Lokale Ordner' ... dass man im erwähnten speziellen Konto selbstredend auch noch Unterordner anlegen kann, vereinfacht das nicht gerade, aber wenn man es praktisch ausprobiert, ist der Unterschied dann doch recht schnell ersichtlich.
dann habe ich manuell einen Ordner in meinem home angelegt und plötzlich sind alle meine lokalen Einträge und Ordner weg
Hier wäre es m.E. wichtig, den ganz exakten Ort zu nennen, in welchem du diesen Ordner angelegt hast und wie du ihn benannt hast.
(Und: wenn es um einen Mailordner geht, wieso du ihn offenbar direkt im Dateisystem angelegt hast und nicht im Thunderbird ...?)
Weiter weiß ich erstmal nicht, zumal ich bislang noch nie Flatpak genutzt habe, sondern als "fortgeschrittener Laie" nur die Paketquellen der Distribution nutze.