Hallo FeeFa,
damit wir dir wirksam helfen können, solltest du zumindest angeben, ob deine E-Mail-Konten bislang das POP- oder das IMAP-Protokoll benutzen. Das ist in diesem Zusammenhang sehr wichtig.
Am besten wäre es sogar gewesen, du hättest ein neues Thema erstellt, denn dein Problem ist jetzt ein ganz anderes als das, das in diesem Thema diskutiert wird.
Offensichtlich hat Thunderbird beim Upgrade ein neues Profil erstellt, anstelle dein vorhandenes Profil zu benutzen. Dieses Problem wird gerade in diesem aktuellen Thema Posteingang - nach Installation der neuen Programmversion sind alle alten Mails + Unterordner weg behandelt.
Lies dir diesen Faden durch und wenn möglich erstelle einen Screenshot wie du ihn im dortigen Beitrag #3 findest. Dazu musst du in Thunderbird ins Menü Hilfe > Informationen zur Fehlerbehebung > Allgemeine Informationen > Profile gehen und auf "about:profiles" klicken.
Wenn ich allerdings lese, dass einer deiner Ordner 130000 Mails enthält, schwant mir Ungutes.