Eine Frage noch: Thunderbird fragt mich zudem immer mal wieder ob der Dateien archivieren soll, anscheinend tut es das dann auch, aber ich habe keine Ahnung, wo es die archivieren Mails dann hin verschiebt...
Dazu fällt mir jetzt doch etwas ein, was ich der Vollständigkeit noch erwähnen will.
Hast du vielleicht Filter erstellt, mit denen Nachrichten in andere Ordner verschoben werden? Man kann auf diese Weise Mails auch in thematische Ordner verschieben, was einem Archivieren nahe kommt, auch wenn die Funktion "Archivieren" von Thunderbird in diesem Fall nicht genutzt wird und der Zielordner einen anderen Namen als "Archiv" trägt.
Ich würde also mal in Extras > Filter nachschauen, ob derartige Filter aktiv sind.