Überhaupt ist der Ordner Junk im TB nicht vorhanden.
Erst wenn der Junk-Filter in den Konten-Einstellungen aktiviert wird, zeigt Thunderbird in der Konten/Ordnerliste den Ordner Junk beim entsprechenden Konto an. Unter Umständen musst du auch per R-Klick auf den Kontennamen > Abonnieren .... in der damit geöffneten Ordnerliste noch den entsprechenden Ordner abonnieren.