Woran kann das denn liegen und wie kann ich das abstellen?
Überprüfe unbedingt, ob du für dieses POP-Konto Filter erstellt hast. Ich kann mir nicht vorstellen, dass sich Nachrichten in den in den Lokalen Ordnern angelegten Ordnern so einfach verdoppeln.
Wenn sie im Posteingang erneut herunter geladen werden, dann ist das ein anderes Phänomen, und in dem Fall könnte tatsächlich das Löschen der popstate.dat Datei Abhilfe schaffen.