nein keine Reparaturen usw.
Vor allen Aktionen sollte der gesamte Anwendungsordner Thunderbird unter z.B. C:\Users\DEINNAME\AppData\Roaming\
extern gesichert werden. Das ist generell hin und wieder empfehlenswert. Natürlich bei beendetem TB!
Dann TB starten und jeden Ordner mit rechter Maustaste -> Eigenschaften -> Reparieren behandeln.
Unten in der Statusleiste wird der Vorgang gezeigt, entsprechend abwarten bis er fertig ist.
Danach alle Ordner kontrollieren, ob Duplikate oder sonstige Mails zu löschen wären. (Add-on Remove Duplicate Messages)
Jetzt einen Kontenordner anklicken und mit Datei -> Alle Ordner des Kontos komprimieren entspr. behandeln.
Nacheinander alle Kontenordner (auch Local Folders) so behandeln.
Unten in der Statusleiste wird der Vorgang gezeigt, entsprechend abwarten bis er fertig ist.
Nun sollte eigentlich alles wieder sauber sein und keine Altlasten enthalten.
Danach müsste auch das Ergebnis von ImportExportTools korrekt sein.