grundsätzlich starte ich nach einem Löschen oder Erstellen von Ordnern den Thunderbird client neu!
Ein doppelter Doppelklick auf das Konto sollte reichen. Ein Doppelklick zum Zusammenfalten der Ordner, und den zweiten, um die Ordner wieder auseinanderzuhalten. Dabei wird die Ordnerstruktur mit dem Server abgeglichen.