Ich erinnere mich aber sehr gut an einen schweren Fehler, der bei der Migration auftat. In sämtlichen IMAP-Konten waren die Anhänge nicht mehr verfügbar. Bei einer Mail war es noch schlimmer, denn es wurde der Anhang aus einer anderen Mail angezeigt. So etwas würde ich als schwerwiegenden Fehler bezeichnen. Die Datenintegrität ist nicht gewahrt. Das kann im Einzelfall sehr übel ausgehen.
Die Frage ist, ob daran der Migrationsprozess selbst schuld war/ist, oder ob es bereits in den Mbox-Dateien einen entsprechenden Fehler gab, der das dann ausgelöst hat.
Die Reparatur besteht darin, Thunderbird zu beenden und im Profil die Ordner Imapmail zu löschen. Beim nächsten Start werden sie neu angelegt und mit dem Server neu synchronisiert. Danach passen die Verlinkungen wieder.
Ich empfehle jedem, der auf maildir migriert und das Bereithalten für IMAP nicht deaktiviert hat, nach der Migration unbedingt die Anhänge der IMAP-Konten zu überprüfen. Ein Backup vor der Migration sollte Pflichtprogramm sein.
Im Fall von IMAP-Konten würde ich persönlich sowieso auf die Migration eher verzichten und statt dessen die Konten neu anlegen, sodass alles sauber neu herunter synchronisiert wird. Das macht zwar Arbeit (Einstellungen, Filter ....), ist aber fast immer eine gute Investition in eine "stabile Zukunft". Der Themenstarter hat sich aber halt bewusst für POP entschieden. Da kommt man um die Migration nicht herum, oder man müsste parallel zum alten Konto ein neues quasi identisches Anlegen und alles aus dem alten Konto in das neue Konto hinein kopieren, um die alten Mails zu übernehmen.