Hallo kawein und willkommen im thunderbirdforum!
Am besten ist, Du kopierst Dein Profilverzeichnis auf einen externen Datenträger. Nach Formatieren der FP kannst Du es nach Neuinstallation von Thunderbird wieder ins Ursprungsprofilverzeichnis kopieren. Es wäre allerdings ratsam, Dich davon zu überzeugen, dass keine befallenen Dateien drin enthalten sind. MBX-Dateien sollten aber nicht gescannt werden, da sie leicht drunter leiden könnten.
Aber es gibt hier eine gute Anleitung:
Antivirus-Software - Datenverlust droht!
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2 Migration / Import / Backups anlegen & wiederherstellen