Wenn du das Profilverzeichnis für Thunderbird meinst, so sollte ein Mischung zwischen diversen Betriebssystemem unterbleiben. Jede Installationen für ein System hat ganz eigene spezielle Einträge was die Konfiguration angeht. Ebenso wie bei dem Browser Firefox. Das kann gut gehen, allerdings führt dies früher oder später mal zu irgendwelchen Fehlern im Profil.
Bei IMAP liegen die Mails auf dem Server und verbleiben dort, somit kannst du von verschiedenen System problemlos drauf zugreifen und hast immer überall den gleichen Stand.