ja, ich habe IMAP und dann auch noch das POP3 für meinen Account.
Meiner Meinung nach liegt hier das Problem eher in dem gleichzeitigen Benutzen der selben Adresse als IMAP-Konto und auch noch als POP-Konto.
Hast du für das POP-Konto das Belassen der Nachrichten auf dem Server deaktiviert in den Konten-Einstellungen > Server-Einstellungen?