Falls du die erweiterte Einstellung mail.server.default.check_all_folders_for_new meinst, so glaube ich, dass sie nur für IMAP Konten gilt.
Das ist korrekt und die Einstellung gibt es auch noch. Aber eine per Filter in einen IMAP Ordner verschobene Nachricht gilt vermutlich nicht als neu, sodass TB dann wohl auch keine Veranlassung sieht, den Ordner zu aktualisieren (ist aber eine Vermutung von mir).
Ich arbeite selber mit solchen Ordnern und habe auch die Vermutung, das TB andere Ordner nur dann checkt, wenn vorher in der Inbox was Neues eingetrudelt ist.