Hattest Du Thunderbird bisher immer mit dem Profil-Manager gestartet oder einfach "blind" das Standard-Profil laden lassen?
Wie schlingo bereits schrieb, kommt es ab Thunderbird 68 teilweise dazu, dass die Software zwischen unterschiedlichen "Installationen" unterscheidet und jeder Installation dann separate Profile zuordnen möchte. Ein Feature, das man mal wieder von Firefox zwangsweise geerbt hat. Dazu gibt es (als technischer Hinweis gemeint) inzwischen auch eine zusätzliche Datei namens "installs.ini" wo pro Programm-Installation dann der Pfad zu den jeweiligen Profilen drin steht.
Wenn man Thunderbird mit dem Profil-Manager startet kann man aber theoretisch immer frei zwischen allen (alten und neuen) Profilen wählen. In dem Fall dürfte das Problem mit dem "vermissten" Profil gar nicht auftreten.