Die entscheidende Frage ist, auf welchem Weg würden die *.eml in Thunderbird wieder hinein "gebracht"?
Das dürfte eigentlich nicht über das Dateisystem des Systems funktioniert haben, da dann bei der IMAP-Synchronisation gleich wieder alles hätte verschwinden müssen.
Meine Idee wäre, dass man die *.eml also ordentlich in Thunderbird importieren bzw. über die Programm-Benutzeroberfläche hinein kopieren muss, damit diese dann auch auf den IMAP-Server wieder hochgeladen werden.
Wie würde es denn gemacht?