Vielen Dank für die vielen Antworten,
ich fange dann mal an:
Ich weiß nicht, warum du ausgerechnet einen von dir (?) in \Chris\Documents\ erstellten "Inbox"-Ordner angewählt hast als lokalen Nachrichtenspeicher für die "Lokalen Ordner.
Ich sollte halt einen anderen Ordner auswählen. Dann habe ich in meinem Dokumente Ordner einfach einen neuen Ordner ausgewählt und als Inbox bezeichnet. Ich hoffte damit das Problem zu beheben, denn im Grudne genommen ist es mir ja egal wo die Mails liegen, hauptsache sie sind im Mail Programm vorhanden.
Ich habe keine Erklärung, warum nach der Umstellung des Pfades plötzlich ein neuer "Posteingang" in den Lokalen Ordnern erscheint, dazu noch mit Nachrichten (woher kommen sie?).
Wieso das so erstellt wurde kann ich auch nicht sagen. Die neue Nachricht kam durch den Abruf von Emails nach dem Neustart von Thunderbird.
Du hättest den "mail.root.none" -Eintrag löschen sollen, da es genau dieser Pfad zu den Lokalen Ordnern (Local Folders) ist, den du geändert hattest und der die Fehlermeldung ausgelöst hat!!
Den "mail.root.none" konnte ich im Thunderbird selbst nur zurücksetzen.
In der prefs.js habe ich ihn dann auch gelöscht, das hat aber nichts gebracht.
Das Löschen des Profils im Profile Manager löscht nicht automatisch den Profilordner, sondern nur den Pfad zu diesem Profil.
Der Profile Manager fragt immer, ob auch der Profilordner gelöscht werden soll
Ich hatte ein Testprofil erstellt, aber nicht angeklickt das ein neuer Ordner angelegt werden soll. Daraufhin war im Profil Ordner ein weiterer Ordner mit dem alten Profil und gleichzeitig ganz viele Dateien vom neu angelegten Profil.
Dieses habe ich dann über den Profilmanager gelöscht und er hat dabei dann den alten Profilordner mit gelöscht.
Einer meiner ersten Sätze war, dass Du den Rat von Mapenzi dringend befolgen und eine Sicherung anlegen solltest. Vielleicht siehst Du den heutigen Tag als eine kleine Lektion in Sachen Datensicherung an und legst Dir künftig ein Backup an.
Da gebe ich dir Recht. Irgendwie verfliegt die Zeit aber auch immer so schnell und ich komme mit den Backups nicht mehr hinterher.
Als der Pfad bereits geändert war, war es für ein Backup ja schon zu spät.
Habe die Daten jetzt allerdings wiederhergestellt und muss mich jetzt ans sortieren geben 
Geht also doch weiter
Nachtrag:
Die Erstellung eines neuen Profils kann häufig die einfachere und schnellere Methode sein, um das Problem mit den zum Abspeichern von Nachrichten ungeeigneten Ordnern zu lösen
Also muss ich nun den Profil manager starten, ein neues Profil anlegen, Thunderbird starten, wieder schließen und dann alle Daten aus dem alten in das neue Profil kopieren?
Hab ich dann nicht schon wieder den falschen Pfad für den lokalen Ordner?
!!).