Da hab ich ja glatt was gelernt: Bei Änderungen schreibt TB die Einstellungen in eine Datei prefs-1.js und tauft die dann um im prefs.js. Jetzt geh doch bitte nochmal in den Process Monitor, mache eine Änderung an den Einstellungen und suche nochmal nach der prefs.js. Gleich danach sind Einträge mit prefs-1.js. Interessant sind die Einträge die in der Spalte 'Operation' den Wert 'CreateFile' und 'WriteFile' haben, die sollten in der Spalte 'Result' den Wert 'SUCCESS' haben. Vielleicht machst du davon mal einen Screenshot.
Warum der explorer die Datei prefs.js nicht anzeigt bleibt allerdings weiterhin ein Mysterium.