Wenn du in Extras > Konten-Einstellungen gehst, werden dort alle deine Konten aufgeführt?
Und im Menü Ansicht > Ordner ist √Alle angehakt?
Falls ja, beende TB, öffne ein Finder-Fenster, gehe zum Profilordner in ~/Library/Thunderbird/Profiles/xxxxxxxx.default/ und lösche die Dateien folderTree.json, session.json und sessionCheckpoints.json.
Starte TB wieder. Vielleicht musst du danach ins Menü Ansicht > Fensterlayout gehen und einen Haken vor Konten-/Ordnerspalten setzen.