Hallo wald,
vielleicht fasse ich es auch nicht richtig auf, aber im Grunde willst Du wohl links die Ordnerstruktur sichtbar behalten, genauso wie rechts bei ggf. aktiviertem Tagesplan der dort angezeigt wird.
Ich habe zwar nicht Deine Problemstellung, aber ich bevorzuge das Öffnen neuer Mail in einem eigenen Fenster statt in einem Tab. Lässt sich über Extras > Einstellungen > Ansicht > Reiter Erweitert > Nachricht bei Doppelklick öffnen in: ... einstellen.
Vielleicht ist das eine alternative Lösung, weil die dauerhafte Anzeige der Ordnerstruktur links geht meines Wissens nicht.
Zusammen mit der Möglichkeit unter Windows, Fenster jeweils 50% einer Bildschirmhälfte belegen zu lassen, müsste es eigentlich das sein, was Du suchst. Wenn es einmal so eingerichtet ist, öffnen die Mails immer auf der selben Bildschirmhälfte und überdecken das andere Thunderbirdfenster nicht mehr.
Gruß
Sehvornix